Kierowca ks. Jerzego Popiełuszki przez 36 lat żył w poczuciu winy, że nie uchronił go przed zamachem. U schyłku życia musiał też stawić czoła bezpodstawnym oskarżeniom, że brał udział w zamachu na księdza przeprowadzonym przez SB. Przy księdzu, który w kościele Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu wygłaszał kazania wspierające „Solidarność” zdławioną po stanie wojennym, Chrostowski był od 1981 r. Poznali się jeszcze przed stanem wojennym. Były komandos mający w życiorysie dwa epizody pobicia milicjantów jeździł z księdzem do jego rodziców, selekcjonował ludzi, którzy chcieli się z nim spotkać. Często spał w mieszkaniu księdza, towarzyszył mu w czasie pogrzebu Grzegorza Przemyka. Na polecenie księdza ochraniał w drodze na przesłuchania kolegę Przemyka. 13. października 1984 r., sześć dni przed porwaniem i zabójstwem ks. Popiełuszki, Chrostowski uratował go przed pierwszym zamachem. Kapitan SB Grzegorz Piotrowski rzucił wtedy kamieniem w szybę golfa, którym jechał ksiądz. Chrostowski skierował auto na napastnika, potem odbił kierownicą. Dlaczego nocą 19. października na znak milicyjną latarką z cywilnego fiata zatrzymał auto? W wydanych w 1991 r. wspomnieniach i na procesie morderców mówił, że decyzję podjął ksiądz: „Stań, bo możemy mieć niepotrzebne kłopoty”. Wydarzenia potoczyły się szybko. Esbecy zabrali Chrostowskiego do fiata i skuli kajdankami. Z golfa wywlekli księdza. Wepchnęli do bagażnika swojego auta i ruszyli. Chrostowski wyskoczył z fiata. Poturbowany dotarł do telefonu, zaalarmował władze kościelne. Kilka godzin później skatowany ks. Popiełuszko już nie żył. Poczucie winy, że „zostawił Jerzego”, nie opuszczało Chrostowskiego do śmierci. Portret ks. Popiełuszki wisiał zawsze w pokoju gościnnym jego mieszkania. To dzięki Chrostowskiemu ustalono sprawców. Przypominał o tym zawsze mec. Edward Wende, oskarżyciel posiłkowy na procesie morderców. Adwokat podkreślał, że Chrostowski miał zginąć razem z księdzem. Po to przygotowano dwa komplety sznurów, dwa komplety worków z kamieniami. Chrostowski po procesie morderców popadł w depresję. Przychodził co roku do kościoła Stanisława Kostki w rocznicę śmierci księdza, ale stawał z boku. Kilka lat spędził w USA. Po 1989 r. handlował ceramiką. Pracował w firmie ochroniarskiej. Podejrzenia, że Chrostowski współpracował z SB, pod koniec lat 90. zaczęli rozpowszechniać prokuratorzy IPN Andrzej Witkowski i Leszek Pietrzak. Gdy w 2005 r. padły pod jego adresem pierwsze oskarżenia, nie chciał rozmawiać z dziennikarzami. Jego główny medialny oskarżyciel Wojciech Sumliński uznał to za okoliczność obciążającą. W swojej książce sugerował, że Chrostowski nie tylko był agentem, ale też, że po śmierci księdza ukradł jego rzeczy i samochód, że sprzedawał fotografie zwłok kapłana. Jego oskarżenia zaczęły powtarzać inne media. Chrostowski wytoczył proces tygodnikowi „Wprost” i wygrał go. Po latach pomówień Chrostowskiego wsparł IPN. W marcu 2009 r. Jan Żaryn, ówczesny szef Biura Edukacji Publicznej, prezentując książkę o represjach wobec księdza Popiełuszki, powiedział, że nie ma żadnych przesłanek do oskarżeń Chrostowskiego o współpracę z SB. W 2011 r. Sąd Najwyższy nakazał oszczercom przeprosiny.