Jezuita, proboszcz parafii w Gdańsku, Warszawie i Łodzi, duszpasterz studentów, ceniony spowiednik. Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił w 1977 r., studiował filozofię i teologię. Święcenia kapłańskie przyjął w 1984 r. w Gdańsku z rąk bp. Tadeusza Gocłowskiego. Podczas studiów uzupełniających na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim specjalizował się w teologii duchowości. W latach 1987-91 był duszpasterzem w Toruniu, gdzie działał na rzecz zalegalizowania Niezależnego Zrzeszenia Studentów. Odprawił słynną mszę w siedzibie klubu studenckiego Od Nowa podczas strajku NZS (27-30 maja 1989) ogłoszonego w proteście przeciw decyzji Sądu Wojewódzkiego w Warszawie odmawiającej rejestracji organizacji. Ostatnie śluby zakonne o. Kubacki złożył w Gdańsku w 1996 r. W 1998 r. został proboszczem w parafii Świętego Krzyża w Gdańsku-Wrzeszczu, od 2006 r. kierował parafią św. Andrzeja Boboli w Warszawie, a od 2011 r. – łódzką parafią pw. Najświętszego Imienia Jezus, łącząc obowiązki proboszcza z przewodzeniem lokalnej wspólnocie jezuickiej. W 2013 r. został przewodniczącym Wydziału ds. Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego Archidiecezji Łódzkiej, a w 2018 r. – członkiem IV Synodu Archidiecezji, a później delegatem Konferencji Wyższych Przełożonych Zakonów Męskich w Archidiecezji Łódzkiej. Po złożeniu funkcji superiora w Łodzi nadal wspierał działalność grup Odnowy w Duchu Świętym i Wspólnoty Życia Chrześcijańskiego.