„Trzeba umieć cieszyć się słońcem, deszczem, wiatrem, jesienią, zimą, latem, wiosną i pięknem stwarzanym przez człowieka” - napisał w internecie dniu swojej śmierci Był katechetą dzieci i młodzieży, duszpasterzem studentów, wykładowcą, pisarzem, przyjacielem Jana Pawła II (gdy ten został kardynałem, wysłał mu telegram: „Karol, trzymaj się! Amen"). To za radą Wojtyły zaczął pisać. Najpierw książki dla dzieci, potem szkice teologiczne, etyczne i historyczne, katechizmy i modlitewniki. Największą popularnością cieszyła się napisana przez niego biografia Jana Pawła II „Wezwano mnie z dalekiego kraju", która została przetłumaczona na kilkanaście języków. W 1977 r. ks. Maliński został rektorem kościoła Sióstr Wizytek w Krakowie. W „Tygodniku Powszechnym" publikował rozważania na temat Ewangelii, w „Dzienniku Polskim" swoje felietony. Wiele książek poświęcił polskiemu papieżowi. Na początku lat 70. zaczął odprawiać słynne msze w kolegiacie św. Anny. Rozpoczynały się późno, o 21.30, i były krótkie. Bo Maliński mówił krótko. Był autorem najkrótszych kazań wygłaszanych w Polsce. W 2005 r. IPN oskarżył księdza Malińskiego o współpracę z SB, do której nigdy się nie przyznał. Miał być TW „Delta". W autobiografii zatytułowanej „Ale miałem ciekawe życie" pisał, jak „smutni panowie" podsłuchiwali jego rozmowy telefoniczne, otwierali listy, chodzili na jego kazania, śledzili, dokąd idzie, z kim się spotyka, co publikuje. „Nie podpisałem ani nie wyraziłem zgody, a wprost przeciwnie, wielokrotnie odmawiałem zgody na współpracę, a przez długi czas nawet na jakąkolwiek rozmowę, co odnotowują w swoich papierach pracownicy SB. To dopiero potem zmieniłem sposób traktowania tych ludzi". Swoje późniejsze rozmowy z esbekami tłumaczył „próbą ich ewangelizacji". Ponieważ odmówił autoryzacji wywiadu, jaki na ten temat udzielił „Tygodnikowi Powszechnemu", czasopismo zawiesiło współpracę z księdzem. - Uznałem, że nie można drukować jego tekstów jako moralisty, skoro nie chce odnieść się do podejrzeń o niegodne postępowanie - tłumaczył ówczesny redaktor naczelny ks. Adam Boniecki. Po odmowie publikacji ksiądz Maliński założył własną stronę internetową, na której zaczął zamieszczać swoje homilie i rozważania. Strona Malinski.pl po jego śmierci nadal działa. Założona przez ks. Malińskiego w 2011 r. fundacja Będzie Lepiej ma pod opieką dzieci uzdolnione artystycznie z ubogich rodzin.