Współtworzył system operacyjny MS-DOS i edytor tekstowy Word. Ale przede wszystkim był wraz z Billem Gatesem założycielem Microsoftu i jednym z twórców komputerowej rewolucji. Allen i Gates byli kolegami jeszcze z czasów liceum w Seattle. W 1975 roku w Albuquerque w stanie Nowy Meksyk założyli Microsoft. To Allen miał przekonać Gatesa, żeby ten rzucił studia na Harvardzie. Odegrał kluczową rolę w powstaniu pierwszych komputerów osobistych - w czasach gdy typowy komputer zajmował jeszcze cały pokój. Paul Allen odpowiadał za technologiczną stronę firmy. W 1983 roku zdiagnozowano u niego chłoniaka Hodgkina. Allen opuścił Microsoft, chociaż pozostał jednym z jego głównych udziałowców. Założył firmę Vulcan - od imienia rzymskiego boga ognia - do zarządzania swoimi prywatnymi inwestycjami i działalności filantropijnej. Drugą fortunę Paul Allen zbił nie w technologiach, lecz w nieruchomościach. Vulcan Real Estate zbudowała m.in. kampus Amazona w Seattle, w którym pracuje 45 tys. osób. Stawiała też budynki dla Google’a i Facebooka. Allen był też właścicielem klubu koszykarskiego Portland Trail Blazers oraz zespołu futbolu amerykańskiego Seattle Seahawks. Przeznaczył ponad 2 mld dol. m.in. na: badania mózgu, walkę z chorobą Ebola, ochronę oceanów, walkę z bezdomnością. Pod koniec życia Allen zobowiązał się do przekazania większości swojej wartej ponad 20 mld dol. fortuny na cele charytatywne. Od 2009 r. chorował na chłoniaka nieziarniczego, rodzaj nowotworu układu chłonnego. - Jestem zrozpaczony z powodu śmierci jednego z moich najstarszych i najdroższych przyjaciół – oznajmił Bill Gates na wieść o śmierci Allena.