Badacz najnowszej historii powszechnej i Polski, znawca problematyki II RP, parlamentaryzmu i konstytucjonalizmu, uczestniczył w pracach nad konstytucją w latach 1990-93 jako ekspert prezydenta i Senatu. W latach 1992-95 był pierwszym przewodniczącym Rady Krajowej Szkoły Administracji Publicznej. Kierował Wojskowym Instytutem Historycznym w latach 1993-2001, potem Wojskowym Biurem Badań Historycznych. W latach 1988-91 był prezesem Polskiego Towarzystwa Historycznego. Prof. Ajnenkiel był autorem wielu prac i książek dotyczących m.in. historii prawa polskiego, historii administracji, konstytucjonalizmu i parlamentaryzmu. Wykładał na uczelniach Europy Zachodniej i USA, m.in. na uniwersytetach w Brukseli, Columbii, Harvardzie, Yale, Londynie i Tybindze. Od 1998 r. związany był z Uczelnią Łazarskiego. W 2000 r. został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.